司法拍卖的车辆有抵押的，可以对车辆进行拍卖，但拍卖所是的款项优先偿还质权人的债权，然后再偿还其他债权。
《最高人民关于人民执行工作若干问题的规定(试行)》
人民对被执行人所有的其他人享有抵押权、质押权或留置权的财产，可以采取查封、扣押措施。财产拍卖、变卖后所得价款，应当在抵押权人、质押权人或留置权人优先受偿后，其余额部分用于清偿申请执行人的债权。
一、多个债权人执行的先后顺序是如何规定的
按先后顺序，多份生效法律文书确定金钱给付内容的多个债权人分别对同一被执行人申请执行，各债权人对执行标的物均无担保物权的，按照执行采取执行措施的先后顺序受偿。有多个担保物权的，按照各担保物权成立的先后顺序清偿。
多个债权人申请财产保全的，按申请的先后顺序，轮候查封、扣押、冻结财产。查封、扣押、冻结解除的，登记在先的轮候查封、扣押、冻结即自动生效。也就是按照申请先后顺序采取财产保全，不得重复财产保全。
其他人民对已登记的财产进行轮候查封、扣押、冻结的，应当通知有关登记机关协助进行轮候登记，实施查封、扣押、冻结的人民应当允许其他人民查阅有关文书和记录。
其他人民对没有登记的财产进行轮候查封、扣押、冻结的，应当制作笔录，并经实施查封、扣押、冻结的人民执行人员及被执行人签字，或者书面通知实施查封、扣押、冻结的人民。
同一财产向两个以上债权人抵押的，拍卖、变卖抵押财产所得的价款依照下列规定清偿：
1、抵押权已经登记的，按照登记的时间先后确定清偿顺序；
2、抵押权已经登记的先于未登记的受偿；
3、抵押权未登记的，按照债权比例清偿。
二、抵押和查封谁优先权
抵押和查封相比，抵押具有优先权。已经设定抵押的财产可以进行查封和扣押，但不影响抵押权的效力，说明抵押优先于查封和扣押。人民可以对被执行人的财产进行查封、扣押、拍卖和变卖，但最终所得价款，抵押权人具有优先受偿权。人民对被执行人的担保财产进行转让时，应当通知抵押权人，切实保障抵押权人的权益。