法律分析：工程欠款超过诉讼时效的处理方式是各承包商可以采取书面发函、向清欠主管部门及相关部门投诉、与发包方补充协议或签订还款协议等办法，使诉讼时效中断。诉讼时效是三年。
法律依据：《中华人民共和国民法典》 第一百八十 向人民请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民不予保护，有特殊情况的，人民可以根据权利人的申请决定延长。
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