担保合同纠纷能申请仲裁。当事人可以自行协议约定管辖机构和仲裁事项，发生担保合同纠纷时当事人不愿和解、调解或者和解、调解不成的，可以根据合同约定向仲裁机构申请仲裁。
【本文关联的相关法律依据】
《仲裁法》第四条
当事人采用仲裁方式解决纠纷，应当双方自愿，达成仲裁协议。没有仲裁协议，一方申请仲裁的，仲裁委员会不予受理。
第十条
仲裁委员会可以在直辖市和省、自治区所在地的市设立，也可以根据需要在其他设区的市设立，不按行政区划层层设立。仲裁委员会由前款规定的市的组织有关部门和商会统一组建。设立仲裁委员会，应当经省、自治区、直辖市的司法行政部门登记。