法律分析：根据现行法律，被取保候审人的保证金应当在案件终结后退还，但法律并没有具体规定退还方式是否可以自行选择。
法律依据：
1.《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百二十六条规定：“被取保候审人的保证金应当在案件终结后退还，抵押物应当解除抵押。”
2.《中华人民共和国刑法》第一百四十三条规定：“对于犯罪嫌疑人和被告人，可以采取取保候审、监视居住或者逮捕等强制措施。”
3.《中华人民共和国保证金管理条例》第十规定：“招标人应当在合同履行完毕后解除保证金的扣留，或者根据合同约定将保证金的一部分或者全部退还。”
综上所述，虽然法律并未规定取保候审期间保证金退还方式是否可以自行选择，但被取保候审人可以与保管机构协商达成一致意见，选择合适的退还方式。但如果双方无法协商一致，退还方式还需遵守相关法律法规的规定。