办理海员证的流程如下：
1、准备好相关材料：个人亲自填写《海员证申请表》、《船员服务簿》原件及其复印件、国际航行（含特殊航线）船舶船员适任证书或任职能力证明文件及其复印件、申请人近期电子证件照片、在当地机关出具的法律、行规规定的禁止公民出境的情形的证明；
2、在当地医院开具有效的船员体检合格证明；
3、携带以上资料前往当地的签发机关即可办理海员证。如果不是本人亲自办理海员证，而是委托相关机构则还需提供个人合法有效的劳动合同或管理协议及其复印件，以及个人委托办理的申明。
法律依据：《中华人民共和国海员证管理办法》第五条
办理海员证可以直接向签发机关申请，也可以委托海员外派机构，经营国际航线或者特殊航线船舶的航运公司代为申请。
办理渔业船员海员证应当通过具有相应资质的远洋渔业公司或者具有对外劳务合作经营资质的公司提出申请。
第七条
申请办理海员证应当具备下列材料：
（一）海员证申请表；
（二）国际航线或者特殊航线船舶船员适任证书，或者确定的船员出境任务证明材料；
（三）申请人近期电子证件照片。
委托相关单位代为申请办理海员证的，除上述材料外，被委托单位还应当提供委托书。
其中第（二）项规定的船员适任证书无需申请人提供。