燃油附加费可以计算抵扣进项税。
纳税人购进国内旅客运输服务，其进项税额允许从销项税额中抵扣，具体如下：
1、取得电子普通的，为上注明的税额；
2、取得注明旅客身份信息的航空运输电子客票行程单的，为按照下列公式计算进项税额：航空旅客运输进项税额=（票价+燃油附加费）除（1+9%）*9%，
3、取得注明旅客身份信息的铁路车票的，为按照下列公式计算的进项税额：铁路旅客运输进项税额=票面金额除（1+9%）*9%
4、取得注明旅客身份信息的公路、水路等其余客票的，按照下列公式计算进项税额：公路、水路等其他旅客运输进项税额=票面金额除（1+3%）*3%。
可以抵扣进项税的情形具体如下：
1、从销售方取得的用上注明的额；
2、从海关取得的属海关进口专用缴款书上注明的额；
3、购进农产品，除取得专用或者海关进口专用缴款书外，按照农产品收购或者销售上注明的农产品买价和13%的扣除率计算的进项税额。
综上所述，燃油附加费是可以扣除的，但是需要有注明身份的客票。
【法律依据】：
《中华人民共和国暂行条例》第
纳税人购进货物或者接受应税劳务（以下简称购进货物或者应税劳务）支付或者负担的额，为进项税额。
下列进项税额准予从销项税额中抵扣：
（一）从销售方取得的专用上注明的额。
（二）从海关取得的海关进口专用缴款书上注明的额。
（三）购进农产品，除取得专用或者海关进口专用缴款书外，按照农产品收购或者销售上注明的农产品买价和13%的扣除率计算的进项税额。进项税额计算公式：
进项税额=买价*扣除率
（四）购进或者销售货物以及在生产经营过程中支付运输费用的，按照运输费用结算单据上注明的运输费用金额和7%的扣除率计算的进项税额。进项税额计算公式：
进项税额=运输费用金额*扣除率
准予抵扣的项目和扣除率的调整，由决定。