婚姻关系不会因分居满两年而自动解除。因为我国没有自动离婚的规定。根据相关法律规定，当事人一方起诉，请求离婚的，人民应当先行调解，调解不成，且确认双方因感情不和分居满二年的，应当准予离婚。或者当事人协议离婚。
一、经人民判决不准离婚后双方又分居满多少年
夫妻因感情不和分居满二年，则可以确定夫妻感情破裂，在诉讼中，如果调解不成，应当判决准予离婚。但是非因感情不和而分居的，不能适用该项规定。
分居两年诉讼离婚的条件在于是否感情不和导致的分居，非感情不和的分居，一般不会准予离婚。
因此，分居两年自动离婚是不合法的。正确的解除婚姻关系只有两种途径：到婚姻登记管理机关办理离婚手续，或到人民通过判决或调解解除婚姻关系。否则就算分居多年，在法律上也还是婚姻关系。
另外，两年的分居必须是连续的夫妻分居两年，是从夫妻实际分居的第二天算起。这种分居必须是连续的，分居时间必须连续计算，而不是累计两年;如果是在分居后同居，则应在同居和分居后的第二天重新计算。分居实际上并不容易证明，特别是在证明连续性方面。当事人提出离婚诉讼，必须证明分居的真实性。提供合法、充分的证据，如另一方的租赁合同、购买合同或与他人同居的证据或证人等。
目前，我国法律不承认分居多年视为自动解除婚姻关系。经人民判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。而在刚出台的《民法典》中，新增了离婚冷静期，无论分居多少年，都不会自动解除婚姻关系，婚姻关系只能通过协议或诉讼两种方式解除。在协议离婚的时候，《民法典》规定，自协议离婚起三十日内，可随时撤销离婚申请，三十日后生效，但家暴等损害对方的情形除外。
二、起诉离婚要分居多久才可以起诉
起诉离婚分居多久都可以起诉，即只要符合法律规定的起诉条件，当事人就可以起诉离婚。
起诉离婚没有分居时间的，但规定起诉离婚的当事人必须是完全民事行为能力人，并且属于合法婚姻关系中的一方。
一般而言，夫妻双方因感情不和分居满二年，调解无效的，应当准予离婚。
根据《民法典》第一千零七十九条第一、二款、第三款第四项规定，夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民提起离婚诉讼。
人民审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
因感情不和分居满二年，调解无效的，应当准予离婚。
三、离婚只有几种方式
离婚只有两种方式协议离婚和诉讼离婚。有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：
1、因分居而离婚，需要满足一定的条；
2、要求双方连续两年分居，不履行夫妻义务；
3、双方因感情不和而分居；
4、需要调解，没有和解的可能。
因此，分居两年后自动离婚是错误的，无论分居多久，夫妻关系都不会自动解除，没有婚姻可以自动离婚，离婚需要办理手续。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国民法典》第一千零七十九条
夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民提起离婚诉讼。
人民审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：
（一）重婚或者与他人同居；
（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；
（三）有、吸毒等恶习屡教不改；
（四）因感情不和分居满二年；
（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。
一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
经人民判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。