知识产权证据保全公证瑕疵主要集中在以下方面：一是公证程序瑕疵。如监督取证公证人员人数未达到司法部《公证程序规则》至少两人的要求；公证书出具时间超过《公证法》第三十条规定的自受理之日起十五日内的要求，最长甚至在证据保全后两、三个月方才出具；二是保全措施瑕疵。如网络证据保全公证时使用非公证处电脑介质进行；影视作品侵权公证保全时只播放片头内容，未对整个作品完整取证等；三是事实记录瑕疵。如对取证地址记录不详甚至记录错误；同一时段内，公证人员在相距较远的多家商铺取证，而各商铺的消费显示，取证时间仅相距十多分钟，公证书所载取证过程的真实性受到严重质疑。