扎龙国家级自然保护区位于黑龙江省齐齐哈尔市东南30千米处，地理坐标为东经123°47′～124°37′，北纬46°52′～47°32′，属湿地生态系统类型的自然保护区。
保护区位于松嫩平原西部，松嫩平原是晚中生代以来发展形成的凹陷盆地。其地貌类型主要为平原区河湖相冲击地貌类型，河流的河谷、河道及不明显，水流缓慢，兼有风成沙丘及沙地。
保护区的水源有乌裕尔河、双阳河、新嫩江运河、“八一”幸福运河，其中乌裕尔河为形成和维持保护区湿地生态系统的主导因素。乌裕尔河流域年降水量差异较大，上游年均降水550～600毫米，下游地区为400毫米左右，下游年需水量16.6×10立方米，其中天然降水为6.6×10立方米，新嫩江运河补水7×10立方米，北部引嫩和乌裕尔河来水量为3×10立方米。本区耗水量分别为：蒸发约10×10立方米，连环湖补水工程2×10立方米，渗透和灌溉消耗4.6×10立方米。由于多年干旱及乌裕尔河、双阳河上游水利工程的影响，在二零一几年扎龙保护区每年缺水量约为3×10立方米。
保护区南北长65公里，东西宽37公里，总面积21万公顷，其中核心区7万公顷，缓冲区6.7万公顷，实验区7.3万公顷。
保护区由乌裕尔河下游流域一大片永久性季节性淡水沼泽地和无数小型浅水湖泊组成，沼泽地最大水深0.75米，湖泊最大水深达5米。湿地的周围是草地、农田和人工鱼塘，每年共有6种鹤类在此繁殖和停歇，占世界鹤类种类的40%，保护区河道纵横，湖泊沼泽星罗棋布，湿地生态保持良好。