恶意克扣工资有责任，劳动者可要求支付并申请解除劳动合同。根据《劳动合同法》规定，单位未按约定支付劳动报酬，劳动者可要求支付并获得赔偿。劳动者可向劳动行政部门申请支付令，或向申请解除合同。克扣工资需有正当理由，法定代扣费用不属克扣范围。
法律分析
一、恶意克扣工资有什么责任
根据《劳动合同法》第85条的规定，用人单位未依照劳动合同的约定或未依照本法规定支付劳动者劳动报酬的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬;逾期不支付的，责令用人单位按应付金额50%以上100%以下的标准向劳动者加付赔偿金。
在用人单位拖欠或未足额发放劳动者报酬的，劳动者可以依法向当地人民申请支付令，人民应当依法发出支付令。
二、克扣工资可以申请解除劳动合同吗
可以。
公司克扣工资员工可以要求解除合同并支付经济补偿金。
公司克扣工资，属于《劳动合同法》第三十规定的“未及时足额支付劳动报酬的”情形，劳动者可以书面告知(通知)用人单位解除劳动合同并要求支付经济补偿金。
《劳动合同法》
第三十劳动者单方解除劳动合同
用人单位有下列情形之一的，劳动者可以解除劳动合同：
(一)未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件的;
(二)未及时足额支付劳动报酬的;
(三)未依法为劳动者缴纳社会保险费的;
(四)用人单位的规章制度违反法律、法规的规定，损害劳动者权益的;
(五)因本法第二十六条第一款规定的情形致使劳动合同无效的;
(六)法律、行规规定劳动者可以解除劳动合同的其他情形。
用人单位以暴力、威胁或者非法人身自由的手段强迫劳动者劳动的，或者用人单位违章指挥、强令冒险作业危及劳动者人身安全的，劳动者可以立即解除劳动合同，不需事先告知用人单位。
克扣工资是一种违法行为，一般是指在劳动者提供了正常劳动的情况下，用人单位没有任何正当理由，就扣减劳动者相应的工资报酬。不过，我们要注意，对于单位依法代扣代缴费用的情况，如社会保险费中由劳动者承担的部分、劳动者的个人所得税等等。这些并不在克扣工资之列。
结语
恶意克扣工资违反了《劳动合同法》的规定，用人单位应承担相应责任。根据法律规定，劳动行政部门可以责令用人单位限期支付劳动报酬，并要求用人单位支付赔偿金。劳动者也可以向申请支付令，将依法作出相应判决。此外，劳动者还可以根据《劳动合同法》第3规定，书面通知用人单位解除劳动合同并要求支付经济补偿金。克扣工资属于违法行为，但需注意单位依法代扣代缴费用不在克扣工资范围内。
法律依据
中华人民共和国社会保险法：第十一章 法 律 责 任 第九十四条 违反本法规定，构成犯罪的，依法追究刑事责任。
中华人民共和国社会保险法（2018修正）：第十一章 法 律 责 任 第九十四条 违反本法规定，构成犯罪的，依法追究刑事责任。
中华人民共和国劳动法（2018修正）：第五章 工 资 第五十条 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。