擅自变更土地使用用途的，由县级以上自然资源主管部门责令交还土地，处以罚款。
农用地进行更改用途，是必须得到土地管理部门的批准，按照土地管理部门的处罚执行。
已经审批建设用地，擅自改变土地用途，依法收回国有土地使用权当事人拒不交出土地的，临时使用土地期满拒不归还的，或不按照批准的用途使用国有土地的，由县级以上土地行政主管部门责令交还土地并罚款。
改变土地使用用途的流程：
1、申请和报批；
2、分类确定办理方式；
3、确定出让年限；
调整国有土地使用权出让金；
5、签订出让合同；
6、补缴出让金，办理土地登记。
【本文所涉及的法律依据】：：
《土地管理法》
第五十六条
建设单位使用国有土地的，应当按照土地使用权出让等有偿使用合同的约定或者土地使用权划拨批准文件的规定使用土地；确需改变该幅土地建设用途的，应当经有关自然资源主管部门同意，报原批准用地的批准。其中，在城市规划区内改变土地用途的，在报批前，应当先经有关城市规划行政主管部门同意。
第八十一条
依法收回国有土地使用权当事人拒不交出土地的，临时使用土地期满拒不归还的，或者不按照批准的用途使用国有土地的，由县级以上自然资源主管部门责令交还土地，处以罚款。
第八十二条
擅自将农民集体所有的土地通过出让、转让使用权或者出租等方式用于非农业建设，或者违反本法规定，将集体经营性建设用地通过出让、出租等方式交由单位或者个人使用的，由县级以上自然资源主管部门责令限期改正，没收违法所得，并处罚款。