基本农田与基本农田保护区不完全一样，但两者有密切的联系。基本农田和基本农田保护区主要由耕地构成，实行严格保护，基本农田一般位于基本农田保护区内，基本农田保护区的土地大部分是基本农田。
《基本农田保护条例》
第二条
国家实行基本农田保护制度。本条例所称基本农田，是指按照一定时期人口和社会经济发展对农产品的需求，依据土地利用总体规划确定的不得占用的耕地。本条例所称基本农田保护区，是指为对基本农田实行特殊保护而依据土地利用总体规划和依照法定程序确定的特定保护区域。
《基本农田保护条例》
第十七条
禁止任何单位和个人在基本农田保护区内建窑、建房、建坟、挖砂、采石、采矿、取土、堆放固体废弃物或者进行其他破坏基本农田的活动。禁止任何单位和个人占用基本农田发展林果业和挖塘养鱼。