法律分析：
员工失踪，用人单位中止劳动合同是合法的。法律规定了员工失踪终止劳动关系是合法的。既然连终止劳动合同都是法律允许的，那么中止劳动合同更是符合法律的规定了。
法律依据：
《劳动合同法》第四十四条规定，
有下列情形之一的，劳动合同终止：
(一)劳动合同期满的；
(二)劳动者开始依法享受基本养老保险待遇的；
(三)劳动者死亡，或者被人民宣告死亡或者宣告失踪的；
(四)用人单位被依法宣告破产的；
(五)用人单位被吊销营业执照、责令关闭、撤销或者用人单位决定提前解散的；
(六)法律、行规规定的其他情形。